Alt katı kentin simgesi haline gelen bazalt taşlarıyla, üst katı ise obsidiyen (volkanik cam) taşlarıyla yapılan bina, bu yönüyle benzersiz bir yapıya sahip.
Osmanlı döneminde 1902 yılında tek katlı olarak inşa edilen yapı, 1917’de 2’nci Ordu Müfettişi olarak Diyarbakır’a gelen Mustafa Kemal tarafından karargâh binası olarak kullanıldı. 1937’de tren yolu açılışı için yeniden kente gelen Mustafa Kemal, burada bir süre daha konakladı. 1940’lı yıllarda obsidiyen taşlarıyla eklenen ikinci kat, yapıyı sıradanlıktan çıkararak eşsiz bir görünüme kavuşturdu.
Obsidiyen, normalde taşıyıcı özelliği olmadığı için yapılarda tercih edilmeyen bir taş türü. Ancak İçkale’deki bu binada harçla birlikte estetik amaçlı kullanılması, onu dünyada tek örnek haline getirdi. Parlak yüzeyi sayesinde özellikle gün doğumu ve gün batımında dikkat çekici bir görünüme kavuşan yapı, kente gelen ziyaretçilerin ilgisini çekiyor.
Müze yetkilileri, obsidiyen taşlarının Diyarbakır’da bulunmadığını, en yakın yatakların Bingöl Solhan’da olduğunu belirtiyor. Taşların buradan getirildiği düşünülüyor. Zamanla ufalanarak kullanıldığı için de binaya özgün bir estetik kazandırdığı ifade ediliyor.
1973 yılından bu yana müze olarak hizmet veren yapı, Diyarbakır için önemli bir kültürel miras. Müze içerisinde Mustafa Kemal'in balmumu heykeli, döneme ait eşyalar, savaş yıllarında kullanılan malzemeler ve görsel arşivler sergileniyor.